Am Departement Musik der Zürcher Hochschule der Künste ZHdK unterrichtet Stephan Klarer Chorleitung und verschiedene kirchenmusikalische Fächer. Als Studienleiter ist er zudem für die Nachdiplomstudiengänge in Kirchenmusik (Diploma of Advanced Studies DAS Kirchenmusik Chorleitung und Orgel) verantwortlich.
