Der musikwissenschaftliche Forschungsschwerpunkt von Stephan Klarer ist die Geschichte und Aufführungspraxis des Gregorianischen Chorals im Kloster Einsiedeln. Nachdem die Abtei bereits im 10. und 11. Jahrhundert als bedeutendes Kulturzentrum in der Nordostschweiz galt, erlebte die Einsiedler Choraltradition zwischen ca. 1850 und 2000 eine zweite Blütezeit die bisher noch nie umfassend dokumentiert und ausgewertet wurde.
Aus dieser Forschung heraus ergibt sich ein zweiter Fokus auf die aufführungspraktische Umsetzung des Gregorianischen Chorals heute. Dabei dienen die mittelalterlichen Einsiedler Handschriften und die dortige Aufführungstradition, aber auch Erkenntnisse zeitgenössischer Stimmphysiologie sowie historisch orientierter Aufführungspraxis als Quellen.
Stephan Klarer ist an der ZHdK – neben seiner Dozententätigkeit – als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institute for music research (https://www.zhdk.ch/forschung/imr) tätig.