Der musikwissenschaftliche Forschungsschwerpunkt von Stephan Klarer ist die Geschichte und Aufführungspraxis des Gregorianischen Chorals im Kloster Einsiedeln. Nachdem die Abtei bereits im 10. und 11. Jahrhundert als bedeutendes Kulturzentrum in der Nordostschweiz galt, erlebte die Einsiedler Choraltradition zwischen ca. 1850 und 2000 eine zweite Blütezeit, die er in seiner Arbeit umfassend dokumentiert und ausgewertet hat.

Aus dieser Forschung heraus ergibt sich ein zweiter Fokus auf die aufführungspraktische Umsetzung des Gregorianischen Chorals heute. Dabei dienen die mittelalterlichen Einsiedler Handschriften und die dortige Aufführungstradition, aber auch Erkenntnisse zeitgenössischer Stimmphysiologie sowie historisch orientierter Aufführungspraxis als Quellen.

Als ausgewiesener Semiologe ist er Mitglied des Arbeitskreises Melodierestitution der AISCGre (Internationale Gesellschaft für Studien des Gregorianischen Chorals) und Mitautor der veröffentlichten Restitutionsvorschläge im Periodikum Beiträge zur Gregorianik.

Stephan Klarer ist an der ZHdK – neben seiner Dozententätigkeit – als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institute for music research (https://www.zhdk.ch/forschung/imr) tätig.

Für seine Dissertation Pater Roman Bannwart und die Einsiedler Choralpraxis wurde Stephan Klarer im September 2022 der Marta-Walter-Preis (vormals Jacques-Handschin-Preis) der Schweizerischen Musikforschenden Gesellschaft verliehen.